Al igual que en todas las cirugías, en estos casos también se pueden producir algunos efectos secundarios como hematomas, infecciones, falta de flujo sanguíneo en el tejido del pene, menor sensibilidad, fístulas urinarias y cicatrices.
Por último, es importante resaltar que la cirugía de reasignación o cambio de sexo es un proceso complicado en el que se recomienda apoyar al paciente desde varias especialidades, sobre todo si implica tomar decisiones de posibles intervenciones quirúrgicas.